Ο Κυριάκος Φιλίνης σπούδασε Οικονομικά (BA) στο Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αθηνών και Ευρωπαϊκές και Διεθνείς Σπουδές (MSc) στο Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης του ιδίου πανεπιστήμιου, από όπου και έλαβε διδακτορικό τίτλο σπουδών (PhD). Η διδακτορική του διατριβή αφορούσε στην πολιτική οικονομία των μεταρρυθμίσεων της αγοράς εργασίας. Συμμετέχει σε ερευνητικά προγράμματα και παραδίδει σεμιναριακά μαθήματα, τόσο σε προπτυχιακό όσο και σε μεταπτυχιακό επίπεδο, στο Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης του Πανεπιστημίου Αθηνών. Τα ερευνητικά ενδιαφέροντά του αφορούν τους θεσμούς της αγοράς εργασίας και την ευρωπαϊκή πολιτική οικονομία.